Nace en Santurce, Puerto Rico el 19 de febrero de 1967. Su nombre completo lo es Benicio Monserrate Rafael del Toro Sánchez. Sus padres, Gustavo Adolfo del Toro Bermúdez y Fausta Genoveva Sánchez Rivera eran ambos abogados. Fue el menor de dos hijos, siendo el mayor Gustavo. A la edad de 9 años su madre muere de hepatitis, por lo que a los 13 años la familia se muda a Pennsylvania. Comenzó estudiando mercadeo y se cambio a Drama en el Actors Studio Drama School. Ahí recibe su apodo de "acting animal".

Dentro de sus primeras experiencias están pequeñas participaciones en series como Miami Vice y Drug Wars, así como también en el video de Madonna La Isla Bonita. Su incursión en el cine le llega con "Big Top Pee Wee" y "License to Kill", filme del agente 007. A estos le seguiran "The Indian Runner" (Referido por su amigo Sean Penn), "China Moon", "Money fof Nothing", "Fearless" y "Swimming with Sharks".

Su carrera comenzó a subir gracias a una pequeña participación en "The Usual Suspects", rol que le hizo ganar el Independent Spirit Award por mejor actor secundario. Debido a este filme logra papeles de mayor peso en "The Funeral", "Basquiat", "Excess Baggage", "Joyride" y "The Fan", donde comparte escena con Robert De Niro.

"Fear and Loathing in Las Vegas", "The Way of the Gun" y "Traffic" fueron alguno de los títulos que siguieron, siendo esta ultima por la que gana un Oscar por mejor actor de reparto. Otros filmes son "Snatch", "The Pledge", "The Hunted", "21 Grams", "Sin City", "Things We Lost in the Fire", "The Wolfman" y "Silence".

Su proyecto más ambicioso lo ha sido los filmes sobre las vidas del Che Guevara, "The Argentine" y "Guerrilla" distribuidas como "Che Part One" y "Che Part Two", filmadas en su mayor parte en Puerto Rico.

A lo largo de su carrera a trabajado con directores del calibre de Steven Soderbergh, Guy Ritchie, Sean Penn y Robert Rodríguez.